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动植物基因组denovo测序
浏览: 发布日期:2017-10-25
建库测序服务未来组
信息分析服务未来组
文库类型Pacbio三代文库
测序平台Sequel
测序策略10kb文库数据类型raw data
数据量 10.00 G/Sample周期100工作日
第一阶段:
 
1)基因组survey测序分析:乙方对合格的基因组DNA进行建库、测序,构建插入400bp的文库,Hiseq Xten平台测序,达到50X以上的测序深度(基因组按100M计算,不低于5G数据),利用测序数据完成survey评估,包括基因组的大小、杂合度、重复区域、细菌污染等特征分析;
第二阶段:
 
    如果基因组大小小于100M,经过甲方确认后,启动PACBIO测序组装。
 
    2)PACBIO测序组装:乙方对合格的基因组DNA进行建库、测序,构建插入片段20kb的文库,Sequel平台测序,平均读长9-15kb,达到100X以上测序深度(基因组按100Mb计算,不低于10Gb数据)并进行基因组组装,保证达到连续片段ContigN50≥500K,基因组覆盖率大于90%,组装的基因组序列单碱基错误率小于0.01%的组装指标。组装完成后完成相应的生物信息分析。
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